La Cuenca del río San Juan que posee 141,7 km2, un acuífero de 2,23 km2 y una reserva de agua valorada en 12 millones de m3 al año y ha sido de gran importancia durante el desarrollo económico de la ciudad de Santiago de Cuba. Actualmente en la cuenca viven unos 170,000 habitantes Sus aguas superficiales y subterráneas constituyen un elemento importante, tanto para el consumo humano, como para los cultivos que abastecen a sus pobladores. A pesar de ello, tradicionalmente se ha utilizado como lugar de descarga de muchos contaminantes albañales debido a la urbanización presente en el área, a los que se unen los de las industrias existentes y los químicos utilizados en la agricultura.
Posee dentro de sus límites tres áreas protegidas: Reserva de la Biosfera Baconao, Reserva Ecológica Siboney-Juticí y el Paisaje Natural Protegido Estrella-Aguadores. Una breve caracterización del medio biótico (Ver Anexo 3.7), permiten visualizar una rica biodiversidad en contraste con el alto grado de antropización presente en la misma y de existir pocos estudios completos.
San Juan es una de las cuencas de mayor impacto económico en ese territorio, siendo de vital importancia el rescate de sus valores naturales. Con vistas a ello, el proyecto facilitará la intervención en áreas de manejo agrícola tradicional y contribuirá al desarrollo de acciones integrales para proteger, conservar y rehabilitar el medio ambiente y los estudios encaminados al enfrentamiento al cambio climático, contribuyendo al incremento de la producción de alimentos y la salud animal, incluyendo el perfeccionamiento de los servicios a los productores, reduciendo las tierras improductivas, así como el aumento de los rendimientos mediante la diversificación, la rotación y el policultivo, todo lo cual contribuye a un aumento de la calidad de vida de la población.
Con el desarrollo de las acciones dirigidas a la descontaminación de los suelos, en el cual se incluirán actividades de laboreos, siembras, plantaciones, saneamiento ambiental, etc., con técnicas encaminadas a obtener un desarrollo sustentable, podrán lograrse, entre otros impactos positivos, una adecuada protección del suelo, la elevación de los índices de cobertura forestal, con una apropiada composición de especies, la progresiva disminución de la contaminación hídrica y la protección de los mismos. Todo ello conllevará paulatinamente al restablecimiento de la biodiversidad, mejorando las condiciones de hábitats y la restauración del estado de los ecosistemas presentes en la cuenca.